3、忽视了非编码RNA的细胞定位。拿lncRNA来说，lncRNA调控分为转录水平和转录后水平，ceRNA是发生在胞浆内的转录后调控，所以，决定从ceRNA这一机制入手的时候，往往没有提前证实要研究的lncRNA是否也位于胞浆；同理，当考虑lncRNA的表观修饰作用时，我们也需要证明lncRNA位于细胞核内。

无论从何种角度研究基因调控，都是从组学角度研究人类复杂疾病的有效切入点，然后分析不同的元素与复杂疾病发生发展机制的相关性，从而对导致复杂疾病发生发展的基因表达调控机制产生深入认识。

侯睿博士：利用CRISPR/Cas9敲除miRNA和lncRNA最近已经有不少相关文章发表了。对于基因的敲除来说，一般是利用Cas9核酸内切酶特异切割目标基因组DNA双链，产生DSB（Double-Strand Breaks）损伤，从而诱发DNA损伤修复机制，在修复过程中会随机引入或删除核苷酸对，导致目标基因内核苷酸对的删除或插入，从而形成移码突变，造成目标基因的突变，实现基因敲除。而如果在编码基因的目标外显子的5’侧翼和3’侧翼分别设计一个sgRNA，则可以实现片段式的基因敲除。miRNA的敲除类似于后者，CRISPR/Cas9能够精确找到microRNA前体的5’侧翼和3’侧翼序列，实现microRNA前体序列相对应的基因组区段的彻底敲除。而对于lncRNA来说，任何敲除或干扰都具有更高的挑战性。一方面，对于转录lncRNA的基因来说，小的插入缺失很可能并不会影响转录产物的功能。另一方面， lncRNA跟mRNA在基因组的相对位置上很靠近，这时候敲除lncRNA的同时可能会影响附近基因的表达，或者是附近其它功能元件，比如增强子。而在很多情况下， lncRNA和mRNA两者的序列具有高度的重叠，敲除lncRNA的同时可能就把同一区段的mRNA也敲除掉了。

侯睿博士：非编码RNA研究还处在非常早期的阶段，研究方法的局限和人们认识的片面性是很正常的，要说不足之处我个人主要有三点看法：